1990.gada 20.jūlijā izveidota LR Vides aizsardzības komiteja (LR VAK), kuras padotībā bija Republikāniskā Baltijas jūras aizsardzības inspekcija un reģionālās vides aizsardzības komitejas.

1993.gada 3.augustā izveidota Latvijas Republikas Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrija (LR VARAM), kuras padotībā bija reģionālās vides aizsardzības komitejas un Vides aizsardzības inspekcija, kuras sastāvā arī Jūras inspekcija. 1995.gada 1.augustā ar VARAM 31.07.1995. rīkojumu Nr.93 reģionālās vides aizsardzības komitejas tika pārdēvētas par reģionālajām vides pārvaldēm un Jūras inspekcija tika pārveidota par Jūras vides pārvaldi.

2003.gada 31.janvārī ar MK rīkojumu Nr.55 Latvijas Republikas Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrija tika reorganizēta un izveidota Latvijas Republikas Vides ministrija (LR VIDM), kuras pakļautībā palika gan reģionālās vides pārvaldes gan Jūras vides pārvalde. Līdz 2005. gadam Jūras vides pārvalde un astoņas reģionālās vides pārvaldes strādāja kā patstāvīgas institūcijas, kas pakļautas Vides ministrijai.

Ar 2005.gada 1.janvārī ar MK 29.09.2004. rīkojumu Nr.714 tika izveidots vienots Valsts vides dienests, kuras sastāvā iekļautas reģionālās vides pārvaldes un Jūras un iekšējo ūdeņu pārvalde.